Si les grottes ont servies de refuge et d'habitat, elles ont aussi servit de cachette, et pas seulement durant les guerres (de religion, ou plus récemment durant le vingtième siècle. La notion d'habitat troglodyte est souvent lié à cette notion de cachette, et d'abri facile à défendre. Nous allons donc nous concentrer sur cette notion de cachette qui permet de vivre (pour une durée plus où moins longue, à l'abri d'ennemis ou d'autres peuplades.
Les grottes, avec leur coté mystérieux, obscure, secret, ont servis de lieu mystique, magique, initiatique. Que ce soit à l'époque préhistorique, ou des chaman allaient invoqué des esprits, mais, peut être, probablement, après aussi. La BD nous montre de telles scènes, à différentes époques, avec un coté magique plus ou moins dévellopé. Cela crée une image de lieu initiatique pour la grotte, le monde souterrain.
Le jeune Etienne de Cazenac (la Croix de Cazenac), qui possède des dons de Chaman de par sa mère, va être initié au chamanisme par le vieux Imélovitch, un vieu chaman des régions du lac Baïkal. Imélovitch l'amène dans une ancienne citée secrète, dans une sorte de temple souterrain pour l'initier et lui faire retrouver son animal esprit, un ours.
Pour le Marsupilami, c'est le cycle de l'initiation de ses enfants, qui vont passer de l'age de faibles petits marsu à des marsu plus grands, aptes a se défendre dans la terrible jungle. Pour cela, le Marsupilami va amener ses petits dans le cratère d'un ancien volcan, à travers une grotte pour ensuite les y abandonner. Livrés a eux même, les petits devront apprendre a se défendre, seuls, d'un monde cruel. Puis, dernière épreuve, ils devront retrouver la sortie de la grotte vers leur maison : la jungle.
Et après de longues aventures (initiatiques pour les petits marsu)...
Le jeune Khorsabad, reccueillis par Moundhir, le sorcier mage (La meute de l'enfer), va suivre une formation spéciale qui fera de lui un terrible guerrier : trois mains. La fin du cycle de sa formation se déroule dans une citerne, un puits de grotte en fait, et il doit, sans aide et sans s'arrêter, faire la terrible ascention. Ce sera l'épreuve ultime pour lui.
Après bien des épreuves, il réussira a atteindre le sommet.
Dans Les Forêts d'Opale, sous la grande Cité, les carrières des Titans sont le lieu ou ont été extraites les pierre de Lumière. Ce lieu reste baigné de magie et de l'esprit des anciens Titans.
Le conteur et Naomi (Mémoire de Sable), guidés par Lida parcourent les souterrains du peuple des Wiggi's. Par ces souterrains ils vont atteindre la porte de la tour du savoir. Gigantesque bibliothèque rassemblant tout le savoir passé. Mais cette porte est gardée par une magie puissante. Seul des personnes sages et intelligentes peuvent la franchir.
Dans une crypte souterraine, un mage puissant garde un bouclier magique. Mais des individus peux scrupuleux viennent pour s'en emparer. Il faudra ensuite que Percevan déploie beaucoup d'efforts pour réparer les dégats occasioné par le forfait de ces deux crapules.
Au fin fond d'une grotte, un mage puissant à établit un étrange atelier. Grace à son savoir, il y réalisé une boite étrange : l'Arcantane qui lui permet de prendre la vie et la force d'un homme jeune, et ainsi de vivre éternellement avec sa compagne : Morgane. Mais Percevan, sélectionné pour la cérémonie, va intervenir à son tour et briser le cycle, mettan fin aux meurtres à répétitions.