Si les grottes ont servies de refuge et d'habitat, elles ont aussi servit de cachette, et pas seulement durant les guerres (de religion, ou plus récemment durant le vingtième siècle. La notion d'habitat troglodyte est souvent lié à cette notion de cachette, et d'abri facile à défendre. Nous allons donc nous concentrer sur cette notion de cachette qui permet de vivre (pour une durée plus où moins longue, à l'abri d'ennemis ou d'autres peuplades.
Si les ermites ont trouvés refuges dans les grottes pour vivre, souvent leur foi, à l'abri des hommes, il apparaît, à travers la BD que des savants, des scientifiques ont pus, ou peuvent également s'y réfugier. Cachés au fond des grottes, ils peuvent poursuivre leurs expériences, à l'abri des hommes, des puissants, et faire des découvertes très en avance sur leur temps.
En visite dans la Grèce romaine, Alix est guidée par un enfant à travers des souterrains jusqu'à une pièce ou l'élite scientifique de l'époque est réunit en secret pour réaliser des expériences mystérieuses.
Plus classiquement, ce sont les ermites, vieux sages, penseurs, philosophes qui se réfugiaient dans les grottes, pour y vivre à l'abri et loin du monde. C'est donc naturellement vers l'un d'eux que va aller se confier Nabucodinosaure, lorsque face à des problèmes métaphysiques grave, il doit chercher conseil. Notons que ce vieillard sympathique ne semble pas dénué d'un certain humour.
Un vieil érudit, Arménos, scientifique réputé et au savoir immense a décidé de s'installer dans la montagne, loin de la ville et du pouvoir avec qui il est en désaccord. C'est dans son repère que Thorgal va aller le retrouver pour lui demander le remède qu Arménos aurait mis au point et qui permettrait de sauver sa famille.
Dans un passé médiéval-fantastique, une femme, mi-sorcière mi-guérisseuse vie dans une caverne. Une femme "La Brune" vient auprès d'elle se réfugier pour lui demander son aide. Son ami, le chevalier Tristan (BD Légende) est blessé et elle a besoin de le soigner.
Dans un esprit proche, les souterrains et les cryptes, bien que bâtis par l'homme sont aussi des lieux de vie et d'expérience "secrètes" pour des savants. C'est ainsi dans les souterrains d'un château allemand de triste réputation que Yoko Tsuno va faire une étrange découverte. Un orgue géant a été restauré et reconstruit par un habile artisan. Malheureusement, cette merveille de technique avait un bien triste usage, et un esprit criminel a décidé de poursuivre cette oeuvre "diabolique".
Dans une autre cité allemande, Yoko Tsuno découvre le sous-sol d'une maison ayant servit de refuge à des alchimistes du XV° siècle. Ces souterrains leur ont permis de poursuivre leurs expériences sans être poursuivit par les autorités de leur époque. Ces mêmes souterrains ont ensuite été réutilisés pour installer un laboratoire médical ultra moderne afin de tenter une expérience de la dernière chance pour sauver une enfant. C'est à cette tâche que Yoko va s'atteler.
Dans une autre cité allemande, Yoko Tsuno va découvrir, dans les sous-sols d'une vieille battisse, les ateliers d'un autre alchimiste qui se réfugiés en ses lieux pour fabriquer de fausses pierres précieuses ainsi que de terribles poisons dont il menaçait la ville entière.
Afin de débusquer l'apprentis sorcier et s'assurer que ses poisons sont bel et bien détruits, Yoko Tsuno reviendra dans le temps afin de rencontré l'individu et s'instruire plus précisément de ses expériences. Elle découvrira un chimiste très en avance sur son temps.
Au coeur d'un ancien volcan des scientifiques ont établis un laboratoire scientifique leur permettant d'étudier les particules et l'anti-matière. Yoko Tsuno vient le visiter avec ses amis car une jeune fille, Monya, l'a informé que ces expériences auront un résultat funeste dans le futur. L'enquête de Yoko lui montrera que ces expériences sont liées à un étrange habitant de la caverne, une créature extra-terrestre installée au coeur du volcan et qui précisément se nourrie d'anti-matière. Heureusement, malgré les dangers, nos amis viendront à bout du terrible monstre.
La Patrouille des Castors va également découvrir un laboratoire souterrain ou se pratique d'étranges expériences. Le laboratoire, accessible par une grotte (mais également par les souterrains d'un château en ruine), contient d'étranges animaux difforment. Il s'agit en fait d'un laboratoire ou un savant cherche a identifier les causes des malformations génétiques survenues à ces animaux.
Une autre cachette encore plus diabolique est celle de trafiquants de drogue qui ont installés un atelier clandestin de fabrication dans une grotte marine. Un policier en mission secrète va le découvrir. Mise en mauvaise posture, elle sera sauvée par Stany Derval.
Une seconde entrée à la grotte, donnant dans un hôtel permet de rejoindre le complexe souterrain. C'est par là que Stany viendra sauver son amie. Le gaz, hallucinant est hautement toxique à forte dose.
Bob et Bobette accompagnés de leur oncle Lambic vont découvrir un laboratoir souterrain moderne ou une mystérieuse organisation de savants, les masques bleu font d'étranges expériences. Ils ont découvers une méthéorite faite d'une roche étrange, plus légère que l'air. Et pour se rentre sur place ils ont fabriqué une étrange machine : la taupe d'acier qui fait fondre le sol et peut ainsi naviguer sous terre. Nous sommes là dans une BD pour enfants, ou les considérations scientifiques et de vraisemblabilité sont dépassées.
Voici même les plans du mystérieux appareil.
Sur la planète Nouvelle-Terre, Altor et ses amis vont découvrir la GAMNER, une citée souterraine coupée du monde de surface ou vivent une guilde de magiciens.
La seule porte de sortie est un lieu particulier d'ou une inquentation permet de rejoindre la surface
Au fin fond d'une grotte, un savan a établit son laboratoire souterrain : une forge. Percevan découvre cet atelier grandiose d'un savant hors norme (un magicien en fait) qui avait même découvert le secret de l'immortalité.
Dans une montagne Autrichienne, Jacque Le Gall, découvre un centre d'essai secret de l'armée allemande. Ce laboratoir de militaire permettait de tester des sous-marins de poche durant la guerre.
Ce ne sont pas des savants, mais des artistes qui vont aller se réfugier sous terre, dans une grotte afin de répéter leur prestation à l'abri des regards indiscrets, et des concurents. Robert et Bertrand vont les découvrir et les aider à se libérer de brigands qui les faisait chanter.
